Zabieg polega na wprowadzeniu przez skórę leku o różnej konsystencji (roztwór wodny, żele, kremy, emulsje) za pomocą ultradźwięków. Dzięki falom o określonej częstotliwości leki transportowane są do głębszych warstw skóry, co wzmaga efekt terapeutyczny zabiegu. Ultradźwięki przenikają nawet na głębokość 8 cm.
Ultradźwięki są falami akustycznymi, których nie słyszy ludzkie ucho, gdyż mają częstotliwość powyżej 20 kHz. Drgania mechaniczne ciągłe lub impulsowe o odpowiedniej mocy generuje przetwornik ultradźwiękowy w aparacie. Łączą się one w podłużną falę mechaniczną, którą odczuwamy w postaci mikromasażu tkanek, powodując ich ocieplenie oraz zmiany biochemiczne.
Fonoforeza ma działanie przeciwbólowe, przeciwzapalne, przyśpiesza przepływ limfy w naczyniach limfatycznych, zwiększa procesy wchłaniania, zmniejsza napięcie mięśni.